我校高性能计算集群自2009年开始建设，经历了1期至6期的建设后，目前已经具有相当规模，累计拥有703个计算节点、2台一级存储及1台二级存储，累计运算能力为达到351万亿次。其规模约占上海市超算中心的规模的1/4。。
依托高性能计算集群的研究领域涉及计算物理、材料设计、信息科学、计算化学、光谱学以及波谱学、分子动力学、地球物理、大气环境研究、密码学、并行符号计算等众多学科。据统计，截至2015年底利用本集群的课题总经费(到校)已经达到5000万元以上；承担国家973项目、国家自然科学基金、教育部项目、科技部项目、上海市教委项目、上海科委科委项目、国家重点实验室项目、校级项目等众多科研项目；已发表SCI文章280余篇，其中影响因子最高达到32。
高性能计算集群日益成为我校国家重点实验室、教育部重点实验室、上海市重点实验室、物理系、资环学院、信息学院、生命科学院、软件学院、数学系、化学系等重点学科和院系以及校外部分科研单位共同利用的重要科研平台。
超算配置:
超算 | 机器 | 计算 节点 | 运算能力 | 配置 |
一期 | 曙光5000 | 64 | 6.2Tflops（峰值浮点运算能力，双精度） | 2颗4核Intel(R) Xeon 5450,3.06GHz处理器，24GB DDR3内存；10T的Lustre并行文件系统。 |
二期 | 曙光5000 | 64 | 6.8Tflops（峰值浮点运算能力，双精度） | 2颗4核英特尔®至强E5640 3.06GHz处理器，24GB DDR3内存；20T的Lustre并行文件系统。 |
三期 | 曙光5000 | 148 | 55Tflops（峰值浮点运算能力，双精度） | 2颗6核Intel(R) 至强X5675 3.06GHz处理器，12/24GB DDR3内存；200T的Lustre并行文件系统。 |
四期 | IBM高性能计算集群 | 126 | 34 Tflops（双精度） | 2颗64位英特尔® E5-2660，8核处理器，32/128GB DDR3内存，300T的GPFS并行文件系统。 |
五期 | 曙光5000 | 150 | 70 Tflops（双精度） | 2颗64位英特尔®e5-2680 V2，2.8GHz处理器，32GB DDR3内存；500T的Lustre并行文件系统。 |
胖节点 | IBM System X3850 X6 | 2 | 1.9968Tflops（双精度） | 4颗 Xeon 12C E7-4860v2 105W 2.6GHz/1600MHz/30MB CPU(2.6GHz/12-core） 288GB DDR3 1600MHz LP RDIMM内存 2块900GB 10KRPM 热插拔2.5寸SAS磁盘 |
RISC架构服务器 | IBM Open Power8 | 4 | 1.97632Tflops（双精度） | RISC芯片，单核主频>=3.0GHz，单CPU内存访问带宽≥85GB/s，CPU总线程数≥64; 128GB内存 |
六期 | Lenovo | 140 | 150.528Tflops（双精度） | 2颗64位 Intel® Xeon 2680 V4 主频2.4 GHz RDIMM DDR4 8*8GB 300T的GPFS并行文件系统 |
GPU | IBM nx360M | 5 | CPU卡: 4.224Tflops（双精度） GPU卡: 29Tflops（双精度） | 2颗E5-2650v4CPU(2.2GHz/12-core）共24core 128GB RDIMM DDR4 2400MHz 300GB SAS 10K 磁盘 Tesla K80 GPU 加速器 IBM GPFS并行文件系统 |
